La cavidad llamada como Coves de Sant Josep es conocida y habitada por el ser humano desde hace unos 17.000 años. Así lo demuestran los yacimientos arqueológicos encontrados a su entrada, desde pinturas que datan del periodo Magdaleniense hasta grabados en la roca. Yacimientos declarados Bien de Interés Cultural y Patrimonio Mundial de la UNESCO.
Antes de los adelantos del siglo XX, importantes historiadores como J. Cavanilles, Sebastián Miñano, o Pascual Madoz, ya citaron en sus obras sobre geografía la existencia de esta cavidad. Cavidad conocida desde hace unos 17.000 años. La existencia de un poblado íbero, indica que la cueva también fue conocida y explorada en esa época, igual que durante la época romana, a la vista de una lápida encontrada dedicada a Ciao Cneo Craso, hijo del cónsul romano Marco Licinio Craso.
El naturalista Josep Cavanilles, a finales del siglo XVIII, en sus “Observaciones sobre la Historia Natural, Geografía, Agricultura, Población y Frutos del Reino de Valencia” (pags. 115-116 Vol I) dice “… se han aprovechado para el riego las aguas que nacen por la raíz del Cerro de San Josep… al mediodía y casi al nivel de la rambla o río Belcaire, que corre por su derecha, tiene dos cuevas que se comunican… aún en estaciones muy secas sale un pie cubico de agua…”
Existen referencias del siglo XIX sobre la costumbre de concentrarse los vecinos alrededor de “La Font de San Josep” debido a la festividad de la “Festa de les Flors”, siendo habitual que los mas atrevidos se adentraran en la cueva.
No fue hasta el año 1902, cuando se realizó la primera exploración conocida a Coves de Sant Josep. En esta exploración, en la que participaron dos grupos que competían por ver quienes eran capaces de adentrarse más, se llegó a alcanzar la “Boca del Forn”. Un joven del grupo estuvo a punto de perder la vida al intentar acceder a esta boca del fron, puesto que era un lugar que marcaba el límite de la parte accesible de la cueva.
Durante los años siguientes fue creciendo el interés por conocer y descubrir la cueva, adentrarse más. En 1915 el prestigioso historiador Carlos Sarthou Carreres realizó una exploración parcial.
En el año 1926, un grupo de vecinos logró superar la “Boca del Forn” y alcanzó el “Lago de Diana”, encontrando después, como obstáculo insalvable la “Galería de los Sifones”. En 1929 fallece Herminio Arroyas Martinez, vecino de Vall d´Uixo, al intentar superar la “Galería de los Sifones”.
Tras esto, en los años siguientes, comienzan las tentativas de acondicionar la cueva para facilitar que entren visitas. Así, se instalan pasarelas en los laterales de la cueva, sobre las aguas. Además, también se electrifica la cueva en esa época, facilitando las visitas.
En 1936, como informa el periodista del Heraldo de Castellón, J. Javieres, las pasarelas son substituidas por barcas, construyéndose una pequeña presa de agua que mantendría los niveles del agua a la vez que se dragaban algunos pasos.
Ya en 1950, mediante barrenos, se agranda la “Boca de Forn”, que deja de ser el límite del recorrido. Lo que permite el paso de las barcas.
La primera exploración realizada por un grupo de espeleólogos fue en 1954, por parte del Centro de Excursionistas de Valencia, y en 1958, dicho grupo confecciona el primer plano topográfico de la cueva.
En 1960, Joaquín Saludes, del Centro de Investigaciones y Actividades Subacuáticas de Valencia, con la intención de comprobar la continuidad de la cueva supera la “Galería de los Sifones”. El 14 de abril de 1961, las voladuras con dinamita permiten abrir este paso.
Es así como queda al descubierto el “Estanque Azul” y el resto de galerías que constituyen el recorrido actual. Se descubre la “Galería Seca”, que será accesible al público en 1973 y se realiza un nuevo estudio topográfico.
En los años sucesivos (1971-1975) se van descubriendo nuevas galerías y sifones hasta alcanzar los 2348 metros.