La grotte connue sous le nom de Coves de Sant Josep est connue et habitée par l’homme depuis environ 17 000 ans. En témoignent les sites archéologiques découverts à son entrée, des peintures datant de l’époque magdalénienne aux gravures dans la roche. Ces sites ont été déclarés biens d’intérêt culturel et sites du patrimoine mondial de l’UNESCO.
Avant les avancées du XXe siècle, d’importants historiens tels que J. Cavanilles, Sebastián Miñano et Pascual Madoz mentionnaient déjà l’existence de cette grotte dans leurs ouvrages de géographie. La grotte est connue depuis environ 17 000 ans. L’existence d’un établissement ibérique indique que la grotte était également connue et explorée à cette époque, ainsi que pendant la période romaine, au vu d’une pierre tombale trouvée dédiée à Ciao Cneo Craso, fils du consul romain Marco Licinio Craso.
Le naturaliste Josep Cavanilles, à la fin du XVIIIe siècle, dans ses « Observations sur l’histoire naturelle, la géographie, l’agriculture, la population et les fruits du royaume de Valence » (pp. 115-116 Vol I) dit « … les eaux qui jaillissent des racines du Cerro de San Josep ont été utilisées pour l’irrigation… à midi et presque au niveau du ruisseau ou de la rivière Belcaire, qui passe sur son côté droit, il a deux grottes qui communiquent… même dans les saisons très sèches, un pied cube d’eau s’écoule… ».
Au XIXe siècle, il est fait référence à la coutume des habitants de se réunir autour de la Font de San Josep à l’occasion de la Festa de les Flors, et il était courant que les plus audacieux entrent dans la grotte.
Ce n’est qu’en 1902 que la première exploration connue des Coves de Sant Josep a eu lieu. Lors de cette exploration, où deux groupes se sont affrontés pour savoir qui pouvait aller le plus loin, ils ont atteint la « Boca del Forn ». Un jeune membre du groupe a failli perdre la vie en essayant d’atteindre cette bouche de la fron, car c’était un endroit qui marquait la limite de la partie accessible de la grotte.
Au cours des années suivantes, l’intérêt de connaître et de découvrir la grotte et d’y pénétrer plus profondément s’est accru. En 1915, le prestigieux historien Carlos Sarthou Carreres a effectué une exploration partielle.
En 1926, un groupe d’habitants réussit à surmonter la « Boca del Forn » et à atteindre le « Lago de Diana », trouvant ensuite, comme obstacle insurmontable, la « Galería de los Sifones ». En 1929, Herminio Arroyas Martinez, un habitant de Vall d’Uixo, est mort en essayant de surmonter la « Galería de los Sifones ».
Par la suite, au cours des années suivantes, on a tenté d’adapter la grotte pour faciliter l’accès des visiteurs. Ainsi, des passerelles ont été installées sur les côtés de la grotte, au-dessus de l’eau. En outre, la grotte a également été électrifiée à cette époque, ce qui a facilité les visites.
En 1936, comme le rapporte le journaliste de l’Heraldo de Castellón, J. Javieres, les passerelles ont été remplacées par des bateaux, et un petit barrage a été construit pour maintenir le niveau de l’eau tout en draguant certains passages.
En 1950, la « Boca de Forn » a été élargie au moyen de forages, qui ont cessé d’être la limite du parcours. Cela permettait aux bateaux de passer.
La première exploration réalisée par un groupe de spéléologues a eu lieu en 1954, par le Cendre des Randonneurs de Valencia, et en 1958, ce groupe a dressé le premier plan topographique de la grotte.
En 1960, Joaquín Saludes, du Centre de recherches et d’activités sous-marines de Valence, dans l’intention de vérifier la continuité de la grotte, est allé au-delà de la « Galería de los Sifones ». Le 14 avril 1961, un dynamitage à la dynamite a permis d’ouvrir ce passage.
C’est ainsi que l' »Estanque Azul » et le reste des galeries qui composent le parcours actuel ont été découverts. On découvre la « Galerie sèche », qui devient accessible au public en 1973, et on réalise une nouvelle étude topographique.
Dans les années suivantes (1971-1975), de nouvelles galeries et de nouveaux siphons ont été découverts jusqu’à atteindre un total de 2348 mètres.
